·史料：杰斐遜落荒而逃（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
另一個讓杰斐遜在學術界風光不再的原因是埃里克·麥特里克1970年發表了一篇論文，評論了杜馬·馬隆和梅里爾·彼得森剛出版的杰斐遜的傳記。
麥特里克略帶冒犯地提出，對杰斐遜充滿崇拜、慶賀其豐功偉績的做法是否應該緩行。
他問道：“我們是否還應該考慮到杰斐遜性格中還有些特征，無論從哪個角度看都算不上英雄行為？”
這不僅僅指他（杰斐遜）對奴隸制的公開支持。身為弗吉尼亞州州長，他在美國獨立戰爭中未能組織民兵開展有效斗爭，而是在氣勢洶洶的英國部隊來臨之前，丟棄蒙蒂塞洛騎馬逃竄，這件事是否是英雄行為？
1807年的《禁運法案》（AmericanEmbargo）又是如何失敗的？
杰斐遜堅持經濟制裁會把美國從戰爭之中解救出來，全然不顧種種現象表明這種制裁的唯一作用就是摧毀美國經濟。
·史料：杰斐遜的心結（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
杰斐遜曾在1779年到1781年任弗吉尼亞州州長，第一件事就發生在這個兩年的任期內。
此時，弗吉尼亞正處于戰時緊急狀態，經濟、后勤、政治一片混亂，在這種情況下，即便是最精明能干的政客也只會心生畏懼。杰斐遜本人喜歡安靜的書齋生活，讓他承擔州長的重任，顯得太不是時候了。
縱使杰斐遜百般努力，弗吉尼亞的經濟還是一片混亂，大陸軍在本州的征兵人數不足。杰斐遜批準弗吉尼亞最精銳的部隊遠征底特律，但徒勞無功。
很快，英國軍隊在本尼迪克特·阿諾德的率領下從切薩皮克灣長驅直入，橫掃弗吉尼亞，將首府里士滿付之一炬。
更糟的是，康華里將軍麾下一隊騎兵部隊突至夏洛茨維爾，差點在蒙蒂塞洛抓住杰斐遜。
整個弗吉尼亞都在議論杰斐遜最后一刻騎馬逃跑的可恥行為，這很不公平地暗示著他膽小怯懦，玩忽職守，讓整個州陷于英軍的鐵蹄之下。
弗吉尼亞州議會甚至通過決議，對他的行為展開調查。后來調查不了了之，最終的決議正式赦免了他的一切不當行為。
雖然戰爭的發展超出了所有人的控制，但杰斐遜作為領導人難辭其咎。失敗的污點伴隨了杰斐遜的一生，當他1796年和1800年兩次競選總統時，這些事總會再次發酵。
杰斐遜意識到自己性格敏感，不能適應危機時期人們對領導人的苛刻要求。至于這段經歷對其情感上的影響，杰斐遜向朋友吐露道：“這傷痛刺骨，一生難愈，只有進了墳墓方可了卻。”
史料：杰斐遜的種族主義（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
一直以來，杰斐遜最令人反感的一點便是他深信黑人天生低等，無法與白人和平共處。
控方的主要觀點來自歷史學家保羅·芬克曼（PaulFinkelman），當時執教于弗吉尼亞理工大學，主要的指控是針對杰斐遜的虛偽。
芬克曼指出：“因為杰斐遜是《獨立宣言》的作者，對他在奴隸制問題上的立場做出考評時，要考慮的不是他是否優于同時代最惡劣的勢力，而是他是否領導了最優秀的那部分人。”
答案顯而易見：“杰斐遜考評不合格。”
芬克曼認為，杰斐遜是一個徹徹底底的種族主義者，在杰斐遜眼里，黑人與白人根本不可能相互平等地一起生活。并且，在廢除奴隸交易或者限制奴隸制向南部之外地區蔓延的問題上，杰斐遜并沒有表現出十分真誠的態度，他對于如何逐步實現解放奴隸的思考亦是如此。
他所鐘愛的蒙蒂塞洛和他的奢靡生活，都是奴隸們辛苦勞作換來的。
芬克曼認為，給杰斐遜冠以“自由之父”的盛名是一種誤導，說得嚴重些，甚至讓人生厭。
·史料：杰斐遜的私生子（《杰斐遜傳》(美)約瑟夫·J.埃利斯）
弗吉尼亞大學退休的病理學家尤金·福斯特博士帶領的一支科研團隊，從一名在世的杰斐遜后代身上取得了含有杰斐遜Y染色體基因的血液樣本，同時也從海明斯幾位后代身上取得了血液樣本。
檢測結果發表在久負盛名的科學雜志《自然》（Nature）上，并在1998年萬圣節那天向媒體公開。結果表明杰斐遜與薩莉最小的孩子埃斯頓·海明斯（EstonHemings）的基因相匹配。樣本的配對成功完全是出于偶然的概率不到千分之一。
這就構成了確鑿的證據，表明杰斐遜跟薩莉至少生育過一個孩子，結合先前的間接證據，可知兩人很可能存在長期的性關系。如果托馬斯與薩莉的故事是美國歷史上最長的一出肥皂劇，那么現在終于接近尾聲了。
我們都知道，杰斐遜生活在美國充滿矛盾沖突的歷史時期，性格復雜，難以捉摸，因為他提出了現代史上最為鼓舞人心的平等主義思想，而他家中卻擁有200名奴隸。
現在我們又知道，杰斐遜曾宣稱種族通婚的前景極為可怕，并將其視為難以終結奴隸制的重要原因，而自己卻又與一名女奴生了好幾個孩子，
在基因比對結果出來之前，人們也許會認為杰斐遜的生活充滿矛盾，現在我們可以確定，他的生活充滿謊言。
我們無法確定杰斐遜與薩莉·海明斯保持關系時的情感狀況，但我們有理由相信，二人的戀情由來已久，最有可能始于在巴黎的最后那兩年。
他們之間也極有可能是兩相情愿的，至少從某種程度上來說，任何主人與奴隸之間的不平等交往都可以看作你情我愿的。
很顯然，它（這種性關系）滿足了杰斐遜的生理需要，這一點他無法也不愿否認，因為在被詹姆斯·卡倫德曝光后這段關系依然維持了多年。
不過在大多數情況下仍然是秘密的，是一個不公開的秘密。在杰斐遜的私人信件中找不到有關這段感情的任何證據。
杰斐遜極善于掩藏痕跡，因此直到近兩個世紀后，現代科學先進的基因檢測技術才證明了他是薩莉孩子的父親。
在杰斐遜與薩莉·海明斯保持關系的整個時期，杰斐遜的大女兒瑪莎·杰斐遜·倫道夫就住在蒙蒂塞洛，跟薩莉的一大群孩子生活在一起。
就算我們極盡人類一切否認之能事，她又怎么會不知道這段關系呢？
但瑪莎一直到死都堅持卡倫德的指控并非事實，捍衛了父親的榮譽，并在說服別人的過程中實際上也在不斷說服她自己。
杰斐遜本人也盡職地在《農事書》里奴隸的名單中記錄了薩莉孩子們的名字，他們長大后，也一樣作為奴隸對待，就像他們與杰斐遜之間毫無關系——的確，就像是生育他們和擁有他們的是不同的人。
·謎一樣的杰斐遜（《美國的故事》作者：畢藍）
如果說，華盛頓是神，那么，杰斐遜就是謎。
他的世界你真的不懂。
不僅因為這位“人民的人”過著貴族般的生活，不僅因為他的奢侈是建立在奴隸的勞動和巨額債務上，不僅因為他聲稱相信普通人的智慧卻從來不曾真正與普通人交往過，不僅因為他作為《獨立宣言》的作者卻在獨立戰爭中沒有開過一槍，不僅因為他高喊著自由卻在入侵的英軍面前倉皇逃竄，不僅因為他反對“黨爭”卻建立了美國第一個政黨，不僅因為他崇尚和諧卻支持血流成河的法國革命，不僅因為他強調州權卻在上臺后大大加強了聯邦政府的權力，不僅因為他反對中央銀行卻利用它成就了自己最輝煌的政績，不僅因為他說的和做的完全不在同一個頻道，也不僅因為他的原則和行為分別屬于兩個世界。
這個謎更重要的表現是他對上級和朋友的背叛。
他給華盛頓當國務卿時處處與華盛頓作對；他給亞當斯當副總統時做的唯一的事就是把亞當斯趕下臺。
于公，他對總統不忠；于私，他對朋友不義。
但是，他真誠地相信，華盛頓和亞當斯背叛了共和原則，把美國領上了歧途，他要拯救這個國家；他也真誠地相信，為了崇高的理想可以不擇手段。他是能夠帶著這些信念過測謊儀的。
最奇怪的是，后世似乎更在乎他說了什么和寫了什么，而不是做了什么，他的歷史地位似乎完全建立在那55個閃閃發光的英文單詞上（“我們認為下面這些真理是不言而喻的……”）。
你見過這么幸運的謎嗎？